Antes de llegar a las Molucas, la flota tocó tierra en Mindanao
Tras dejar atrás Guam, los supervivientes de la expedición alcanzaron la costa de Mindanao, en el sur de las actuales Filipinas, donde establecieron contacto con poblaciones locales antes de proseguir hacia su destino final en las Molucas. Esta escala les permitió reponer fuerzas tras meses de travesía oceánica antes de adentrarse en territorio en disputa con Portugal.