En el viaje de vuelta murió un tercio de la tripulación de escorbuto
El regreso de la India a Portugal fue devastador. Sin conocer bien los monzones de vuelta, la travesía del océano Índico tardó el triple que la ida. El escorbuto diezmó a la tripulación: de los 170 hombres que partieron de Lisboa, apenas 55 regresaron vivos. Vasco de Gama tuvo que quemar uno de sus barcos por falta de marineros para tripularlo. Llegó a Lisboa en septiembre de 1499, dos años después de haber partido. La ruta a la India estaba abierta — a un precio brutal.