El miedo a la peste — real o fingido — trasladó el concilio a otra ciudad en plena sesión

Durante su primera etapa (1545-1547), el concilio discutió cuestiones doctrinales centrales como la interpretación de las Escrituras y la gracia. En 1547, alegando amenaza de peste, los legados papales trasladaron las sesiones a Bolonia, territorio bajo control directo del Papa y lejos de la influencia del emperador. Carlos V, que quería el concilio en suelo imperial para presionar a los príncipes protestantes alemanes, consideró el traslado una maniobra política encubierta y nunca reconoció las sesiones celebradas en Bolonia.