El submarino superó sus pruebas de mar, pero una comisión naval decidió hundir el proyecto igualmente
Entre 1889 y 1890 el submarino de Peral se sometió a duras pruebas de navegación, inmersión y lanzamiento de torpedos, presididas por una comisión encabezada por el almirante Florencio Montojo. El 20 de junio de 1890, Peral realizó en Cádiz el primer disparo de torpedo en inmersión de la historia. A pesar de estos logros, la comisión concluyó que el prototipo no cumplía los criterios de autonomía exigidos, y el 11 de noviembre de 1890 el Ministerio de Marina ordenó desmontar el submarino y entregar sus componentes al arsenal. Se ha discutido durante más de un siglo si el rechazo respondió a motivos técnicos o a recelos personales y políticos hacia el inventor.