Acabó luchando contra la misma Sicilia que había defendido, y sus propios sobrinos pagaron el precio

Tras la muerte de Pedro III, las disputas dinásticas entre sus hijos Jaime II y Federico dividieron lealtades: Roger, que primero apoyó a Federico como rey de Sicilia, terminó sirviendo a Jaime II cuando este quiso ceder la isla a los angevinos por un tratado de paz. Esa ruptura tuvo un precio personal: su sobrino Juan de Lauria fue capturado y decapitado por orden de Federico. Roger respondió derrotando a la flota siciliana en Cabo de Orlando (1299) y Ponza (1300). Firmada la paz de Caltabellota en 1302, Roger se retiró a su condado de Cocentaina, donde murió en 1305, y fue enterrado junto a la tumba de Pedro III en el monasterio de Santes Creus.