Bombardeó un puerto chileno indefenso siguiendo órdenes que él mismo desaprobaba

Incapaz de localizar y destruir a la escuadra aliada, y siguiendo instrucciones expresas de un gobierno español a más de diez mil kilómetros de distancia, Méndez Núñez bombardeó el puerto de Valparaíso el 31 de marzo de 1866 tras dar un preaviso de cuatro días que permitió evacuar a los buques neutrales. El puerto estaba prácticamente indefenso, por lo que la acción fue duramente criticada tanto en Chile como en la propia España, y el propio Méndez Núñez había expresado por escrito su desacuerdo con la orden antes de cumplirla, calificándola de un deber amargo impuesto por su gobierno.