En las Molucas descubrieron que, según sus propios cálculos, las islas caían del lado portugués del reparto del mundo

Al llegar a Tidore en noviembre de 1521, los cosmógrafos de la expedición intentaron calcular la longitud exacta del archipiélago de las Molucas para comprobar si quedaba dentro de la mitad española del reparto del mundo fijado por el Tratado de Tordesillas en 1494. Sus cuentas resultaron más favorables a Portugal de lo esperado, situando las codiciadas islas de las especias peligrosamente cerca o incluso dentro de su lado, lo que generó gran inquietud entre los expedicionarios, que llevaban dos años de penurias para llegar hasta allí. La disputa sobre dónde pasaba realmente la línea no se resolvería hasta el Tratado de Zaragoza, ocho años después, cuando España vendió sus derechos a Portugal.