Mientras tanto, los filipinos que les sitiaban entraron también en guerra contra Estados Unidos

A medida que avanzaba el asedio de Baler, el conflicto regional cambió radicalmente de naturaleza sin que los sitiados lo supieran: los revolucionarios filipinos, que originalmente combatían contra la dominación colonial española, se enfrentaron además, a partir de febrero de 1899, a las tropas estadounidenses que habían tomado el archipiélago tras el Tratado de París, iniciando así la Guerra Filipino-Estadounidense. Baler quedó como un pequeño foco aislado de un conflicto que ya no enfrentaba en absoluto a España con nadie en la región, una anomalía histórica de soldados resistiendo una guerra que, para todos los demás actores implicados, ya había cambiado por completo de bando y de enemigo.