Al volver a España, varios de los sitiados fueron sometidos a juicio por sospechas sobre su conducta

Lejos de ser recibidos únicamente como héroes a su regreso a España en septiembre de 1899, algunos de los supervivientes de Baler enfrentaron procesos militares e investigaciones internas sobre decisiones tomadas durante el largo asedio, incluida la ejecución sumaria de un compañero, el cabo Vigil de Quiñones, acusado de traición y de intentar pasarse al bando filipino durante el cerco. Solo con el paso de los años y la difusión de su historia en la prensa y, más tarde, en el cine, su resistencia se consolidó en la memoria pública española como un símbolo del fin del imperio colonial, más que como un episodio sujeto a sospecha o controversia interna.